W ramach obrotu profesjonalnego między przedsiębiorcami, posługujemy się co do zasady fakturami. Jednak również tutaj należy zwrócić uwagę jaki typ dokumentu odpowiada rzeczywistości. W wersji podstawowej systemu Atom ERP można wystawiać faktury VAT, VAT marża, proforma, dokumenty zaliczkowe, korygujące, noty księgowe i dowody wewnętrzne.