Zarządzanie zasobami ludzkimi w Atom ERP obejmuje między innymi generowanie dokumentów, organizowanie rekrutacji oraz planowanie obłożeń. Na podstawie czasu pracy i umów wyliczane są wynagrodzenia.

Moduł wspiera obsługę projektów poprzez gromadzenie dokumentacji, planowanie realizacji powiązanych z projektem etapów oraz zadań, a także planowanie oraz weryfikację obłożenia pracownikami.

Jeśli kilka różnych firm współdziała, pracuje na wspólnej bazie kontaktów lub współdzieli pracowników lub pomieszczenia to znak, że przydatnym może być moduł wielofirmowy. Pozwoli współdzielić między firmami wiele elementów.

Sprawne zarządzanie dokumentacją w Atom ERP to między innymi automatyczne generowanie dokumentów, funkcjonalne szablony oraz spersonalizowane możliwości edycji. System zapewnia także automatyzację rozliczeń umów.

Moduł księgowości w Atom ERP przewiduje automatyczne generowanie dokumentów i dynamiczne plany kont, a także monitorowanie płynności finansowej i terminów płatności faktur.

Ewidencja zasobów z terminarzem zdarzeń rezerwacyjnych lub serwisowych. Obsługa rezerwacji sprzętu, pomieszczeń, pojazdów czy maszyn. Ewidencja przebiegu pojazdów.

Zapewnienie prawidłowej gospodarki magazynowej. Obsługa dokumentów magazynowych związanych z przyjeciem i wydaniem towarów czy przesunieciami międzymagazynowymi,

Obsługa wysyłek obejmuje zlecanie przesyłek (pocztowych, kurierskich czy paczkomatoywch), automatyczne generowanie etykiet i śledzenie statusów realizacji usługi pocztowej.

Moduł sprzedaży wspiera dział handlowy w pozyskiwaniu nowych klientów, organizacji prowadzonych interesów i udostępnia szerokie możliwości raportowania.

Moduł kontroli jakości oferuje możliwości ankietowania klientów, oceniania wielokryteriowego czy obsługiwania reklamacji i zgłoszeń.

Moduł komunikacji w Atom ERP obsługuje wysyłanie i odbieranie korespondencji e-mail i SMS, a wiadomości mogą być generowanie automatycznie, w oparciu o dowolne szablony.

Specjalizowany moduł do zarządzanie zleceniami transportowymi, umożliwiający wyspecyfikowanie ładunku, koordynację realizacji, a następnie rozliczenie.