Wypełnianie etatów w zleceniach odbywa się poprzez dodawanie pracowników do kart projektów. Operator wybiera poszczególne osoby z rejestru pracowników, a po przypisaniu ich do zlecenia, dane pracowników w zakładce projektu zostają automatycznie uzupełnione. System na bieżąco kontroluje zapełnienie etatów. W przypadku rezygnacji któregoś z pracowników, oprogramowanie wyświetla informację o konieczności wypełnienia wakatu. W systemie zapisywana jest wszelka aktywność w zakresie przydzielania osób do kart projektu.

W systemie Atom ERP użytkownik może pobrać dokumentację grupowo od wszystkich pracowników przypisanych do danej karty projektu. Nie ma wówczas konieczności wyszukiwania każdego pracownika z osobna w rejestrze pracowników – w razie potrzeby, konkretne dokumenty można grupowo pobrać i wysłać do klienta lub wydrukować.

Zarządzanie projektami w Atom ERP obejmuje również dysponowanie sprzętem i narzędziami wykorzystywanymi przez pracowników przy danym zleceniu. Operator systemu może zarezerwować narzędzia, przypisując je do danego projektu, możliwe jest również przydzielenie sprzętu do konkretnych pracowników. Na podstawie wprowadzonych informacji generowane są protokoły przekazania sprzętu, które pozwalają skrupulatnie monitorować stany magazynowe i kontrolować powrót sprzętu do magazynu po zakończeniu pracy.