Obliczanie wysokości wynagrodzeń dla poszczególnych pracowników rozpoczyna się od wprowadzenia stawek pieniężnych do dedykowanego rejestru. Zawarte w nim stawki różnią się w zależności od stanowiska pracy, kwalifikacji lub innych parametrów, w zależności od potrzeb użytkownika systemu. Jeśli firma obsługuje zlecenia międzynarodowe, do rejestru można wprowadzić także kwoty w obcych walutach. W rejestrze stawek automatycznie zapisywana jest historia wszystkich wprowadzanych zmian.

Lista wynagrodzeń to miejsce w systemie, do którego dodawane są karty pracy z wszystkich projektów realizowanych w danym miesiącu. Na tym etapie procesu rozliczeń zostaje obliczona wysokość wynagrodzenia dla pracownika. Oprogramowanie umożliwia naliczanie wypłat zarówno w PLN, jak i obcych walutach, a także w wartości brutto lub netto. Możliwe jest też przeliczanie kwot z jednej waluty na inną. Dla każdego pracownika, w zależności od jego stanowiska czy warunków umowy, można zastosować inne zasady obliczania pensji.

Ostatnim etapem comiesięcznego procesu rozliczenia pracowników jest wygenerowanie listy wypłat. Zawarte są w niej ostateczne kwoty przelewów, które zostaną wykonane na rachunki bankowe pracowników. Lista jest uzupełniana automatycznie, a następnie zostaje ona wyeksportowana do banku, co jest ostatnim etapem procesu rozliczeń. Generowanie listy wypłat stanowi znaczną oszczędność czasu, gdyż księgowy nie musi ręcznie wprowadzać każdego zlecenia przelewu z osobna. W systemie Atom ERP istnieje również możliwość podziału płatności na transze. Kwoty wypłat również zostają automatycznie naliczone na kontach kasowych pracowników.