Obsługa rozliczeń firmy z systemem Atom ERP obejmuje wystawianie faktur przychodowych oraz rejestrowanie nadchodzących faktur kosztowych przedsiębiorstwa, a także ich księgowanie. Wszystkie dokumenty rachunkowe są gromadzone w rejestrze, a do każdego z nich możliwe jest dołączenie dowolnych notatek i załączników. Ponadto, oprogramowanie zapisuje również wszelką aktywność użytkowników w obrębie rejestru, która obejmuje m.in. edycję plików i dodawanie przypisów.

Atom ERP ułatwia zarządzanie dokumentacją dzięki funkcjonalnemu filtrowaniu plików. Użytkownik może wyszukiwać dokumenty księgowe w systemie według różnych tagów i parametrów, które opisują owe dokumenty. Przykładem takiego wyszukiwania może być wyświetlenie wszystkich przeterminowanych faktur z ostatniego półrocza dla danego kontrahenta lub uwidocznienie wszystkich faktur kosztowych przedsiębiorstwa na dany miesiąc. Faktury kosztowe i przychodowe podzielone są na dwa rejestry, które przeszukuje się osobno. Intuicyjne filtrowanie danych pozwala w łatwy sposób kontrolować procesy księgowe i obrazować relacje z klientami.

Wydajna obsługa rachunkowości z systemem Atom ERP odbywa się w oparciu o firmowy plan kont. Jest on generowany automatycznie na podstawie rejestru projektów, pracowników czy zebranych w systemie kategorii transakcji. Taki sposób obsługi procesów finansowych pozwala uwidocznić bilans wydatków i przychodów w ujęciu ogólnym lub z podziałem na poszczególne kampanie czy okresy rozliczeniowe. Stanowi to ogromne ułatwienie w szczególności w przypadku dynamicznie rozwijających się firm, biorących udział w wielu projektach, a także takich, gdzie występują częste zmiany kadrowe.