W oprogramowaniu Atom ERP możliwe jest tworzenie dowolnych planów kont opartych na strukturze drzewa. Oznacza to, że plan kont składa się z poziomów – kont syntetycznych oraz odpowiadających im kont analitycznych (pomocniczych). Do kont księgowych przypisuje się ogólne kategorie, takie jak Materiały czy Rozliczenia z dostawcami. Zapisy księgowe wykonywane się na podlegających im kontach analitycznych. Za ich pomocą uzupełnia się i porządkuje zapisy, na przykład dzieląc środki finansowe firmy na węższe kategorie, do których są przeznaczone.

W obrębie planu kont księgowych system Atom ERP umożliwia łatwe i intuicyjne wyszukiwanie kont, co znacząco usprawnia prowadzenie i kontrolowanie operacji finansowych w firmie. W oprogramowaniu tworzony jest rejestr kont księgowych, w którym automatycznie zapisywane są informacje o poszczególnych transakcjach. W rejestrze możliwe jest szybkie filtrowanie kont i podgląd wszystkich płatności; operator może również sprawdzić bilans pieniężny na każdym z kont i powiązanych z nimi subkontach.

Obsługa księgowości w Atom ERP obejmuje również funkcję tworzenia raportów. Na podstawie danych można generować szczegółowe raporty finansowe, które zestawiają przychody przynależne do danych projektów z poniesionymi kosztami. Raporty obejmują wszystkie kategorie transakcji zdefiniowane w systemie, takie jak koszty materiałów czy wynagrodzeń pracowniczych. Uwzględnienie tak dużej ilości danych pozwala łatwo uwidocznić obszary przynoszące największe wydatki w porównaniu do przychodów i tym samym ocenić rentowność projektów w danym przedziale czasowym.