Każdy nowy dokument jest zapisywany w systemowym rejestrze dokumentów, który dzięki wbudowanym filtrom pozwala na łatwe wyszukiwanie i porządkowanie plików według uznania. Przykładowo, na podstawie dat ważności, można uwidocznić te, których termin kończy się w najbliższym czasie. Jednym z wielu zastosowań filtrów w rejestrze dokumentów jest też selekcjonowanie pracowników posiadających określone umiejętności, wymagane przez zleceniodawcę – w systemie znaleźć można te osoby, do których przypisane są konkretne specjalistyczne uprawnienia czy wymagane badania lekarskie.

Operator definiuje w systemie, jaka ma być kolejność obiegu dokumentów pomiędzy użytkownikami. Na tym etapie określa się również, jakie statusy będzie można nadawać dokumentom – może to być na przykład tryb szkicu, status zatwierdzony czy archiwalny. Każdy status odzwierciedla stopień przetworzenia dokumentu, a może zmienić go konkretny użytkownik lub grupa operatorów systemu, w zależności od nadanych uprawnień. Dla różnego rodzaju dokumentów, w oprogramowaniu można definiować odmienne schematy ich obiegu – przykładowo, w inny sposób są zatwierdzane dokumenty kadrowe, a inaczej przetwarza się faktury kosztowe firmy.