Atom ERP umożliwia grupowanie płatności według poszczególnych kontrahentów. Dzięki temu można w prosty sposób uwidocznić historię transakcji z danym klientem i zobrazować jego płatności w danym okresie czasu. Z drugiej strony, operator może wyświetlić wszystkie płatności, które realizowane były przez firmę dla danego usługodawcy – na przykład biura rachunkowego czy dostawcy energii - i w łatwy sposób sprawdzić, jak kształtują się wydatki przedsiębiorstwa na konkretne usługi w danym przedziale czasowym.

Kontrolę nad transakcjami ułatwia intuicyjne oznaczanie za pomocą kolorów, dzięki czemu zaległe faktury kosztowe lub przeterminowane płatności klientów wyróżniają się w interfejsie systemu. Płatności zrealizowane oznaczane są czarnym kolorem, a przelewy niezrealizowane, ale pozostające przed upłynięciem terminu widnieją w programie na zielono. Z kolei płatności, które mimo upłynięcia terminu ważności faktury nie zostały zrealizowane, rzucają się w oczy oznaczone kolorem czerwonym.